18 марта 2014 года в результате подписания Договора между Российской Федерацией и Республикой Крым о принятии в Российскую Федерацию Республики Крым и образовании в составе Российской Федерации новых субъектов начинается новый этап развития здравницы. Это историческое событие определило вектор в развитии санаторно-курортной отрасли полуострова. В санатории произошли масштабные структурные и динамические изменения.
6 февраля 2015 года приказом Министра обороны создано Федеральное государственное бюджетное учреждение «Сакский военный клинический санаторий имени Н.И. Пирогова» Министерства обороны Российской Федерации. Возглавил ФГБУ доцент, кандидат медицинских наук, врач высшей категории Игорь Александрович Довгань.
30 октября 2015 года подписан договор №27 о сотрудничестве с ФГБУ «Военное образовательное учреждение высшего образования «Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова» (город Санкт-Петербург). Санаторий стал клинической базой одного из ведущих образовательных учреждений высшего образования Российской Федерации. В рамках договора проводится обучение и повышение квалификации медицинского персонала здравницы.
На базе Центра восстановительного лечения создан современный Центр медицинской реабилитации для лиц с ограниченными физическими возможностями.
С 2015 года расширяется профилизация здравницы, внедряются программы санаторно-курортного лечения по 24 утвержденным стандартам.
Разработав концепцию развития санатория, основой которой является оптимизация и внедрение инновационных технологий санаторно-курортного лечения и медицинской реабилитации, Сакский ВКС имени Н.И. Пирогова сегодня успешно реализует ее, закупая новейшее оборудование, постоянно применяя новые современные методы и методики лечения. Активное внедрение инноваций в сочетании с уникальными природными факторами, 180-летним опытом работы позволяют санаторию достигать максимальных результатов в лечении и реабилитации своих пациентов.
В настоящее время Сакский военный клинический санаторий имени Н.И. Пирогова - одно из ведущих многопрофильных санаторно-курортных учреждений России, одна из лучших здравниц Министерства обороны Российской Федерации. Ежегодно санаторий принимает более 12500 пациентов из 60 стран мира.
В здравнице работают 29 врачей, в том числе 8 врачей высшей категории, 6 врачей имеют звание «Заслуженный врач Республики Крым», 1 врач - кандидат медицинских наук, 1 врач - обладатель нагрудного знака «Отличник охраны здоровья», 1 врач - обладатель нагрудного знака «Заслуженный работник здравоохранения Республики Крым».
Врачами санатория выполнено 29 рефератов, 12 тезисов к конференциям, подготовлено 7 статей, 32 врача приняли участие в проводимой на базе санатория научной работе. Только в 2015 году опубликовано 5 работ в научных журналах, приняты к публикации статьи в Военно-медицинский журнал.
В здравнице созданы все условия не только для эффективного лечения, комфортного проживания гостей, но и активного досуга отдыхающих.
На территории санатория расположен дендропарк-памятник-заповедник, где произрастает более 11000 деревьев и кустарников более 140 разновидностей (100 из них являются деревьями-долгожителями, включая деревья-патриархи возрастом более 110 лет). В здравнице успешно функционирует спортивный комплекс: площадки для бадминтона, открытые и крытые теннисные корты, площадки для баскетбола, волейбола, пляжного волейбола, тренажерный комплекс под открытым небом, тренажерный зал.
Действует уникальный комплекс бассейнов: открытый летний плавательный, крытый (зимний) плавательный, бассейн для лиц с ограниченными физическими возможностями с подъемниками, бассейн для подводного вертикального вытяжения и гидрокинезитерапии в минеральной воде собственного источника.
Благодаря устойчивому динамичному развитию ФГБУ «Сакский военный клинический санаторий имени Н.И. Пирогова» является бюджетообразующим предприятием города Саки и одним из главных работодателей западного региона республики. Трудовой коллектив санатория, единственный среди коллективов лечебных учреждений Крыма, был награжден благодарностью Главы Республики Крым за высокие достижения в области экономического развития Республики Крым и обеспечения в 2015 году поступлений платежей в бюджеты всех уровней.
И это далеко не единственная оценка работы коллектива, который является победителем и призером многочисленных рейтинговых конкурсов. Так Экспертный совет Международного форума «Инновации и Развитие» в 2015 году принял решение о включении ФГБУ «Сакский военный клинический санаторий имени Н.И. Пирогова» Минобороны России в число 100 лучших предприятий и организаций России в номинации «Лучшее санаторное-курортное учреждение». В этом же году санаторий вошел в 100 лучших предприятий и организаций Российской Федерации и был признан лидером отрасли в номинации «Лучший санаторий природной и инновационной медицины».
В соответствии с поручением Президента России В.В. Путина впервые в Крыму в 2015 году был проведен II Всероссийский конгресс по развитию лечебно-оздоровительного туризма. Пленарное заседание Конгресса проходило на базе ФГБУ «Сакский ВКС имени Н.И. Пирогова» Минобороны России.
В 2016 году на Всероссийском форуме «Здравница - 2016», который является главным научно-практическим мероприятием года в санаторной отрасли, санаторий был награжден серебряной медалью в номинации «Лучшая здравница» и золотой медалью в номинации «Лучшие технологии кинезитерапии».
В декабре 2016 года санаторий награжден Дипломом I степени победителя премии «Путешествуем по России. Профессионал года» в номинации «Лучшее санаторно-курортное учреждение».
По итогам 2016 года Сакская здравница награждена тремя национальными сертификатами победителя масштабного проекта «Элита Нации» в номинациях «Лидер экономики 2016», «Социально ответственное предприятие Российской Федерации», «Надежный партнер 2016».
В рейтинге «ТОП-100 российских здравниц» Сакский военный клинический санаторий имени Н. Пирогова вошел в тройку лидеров в рейтинге инвестиционного потенциала.
В апреле 2017 года санаторий стал победителем акции Государственного Совета Республики Крым в сфере курортов и туризма «Признание года» в номинации «Лучший санаторий».
16 июня 2016 года Министр обороны России генерал армии Сергей Шойгу, в ходе рабочей поездки в войска Южного военного округа, посетил Сакский ВКС имени Н.И. Пирогова. По итогам работы глава военного ведомства страны отметил, что включение военных здравниц Крыма в состав медицинской службы Вооруженных Сил позволило в значительной степени расширить возможности санаторно-курортного комплекса Минобороны России.
Сегодня Сакский военный клинический санаторий под руководством начальника Игоря Александровича Довганя ведет результативную работу по улучшению качества и эффективности основных направлений деятельности санатория. Вот так, сохраняя вековые традиции старейшей военной здравницы, приумножая их современными инновациями, коллектив санатория следует заветам великого русского доктора Николая Ивановича Пирогова, достойно неся его имя.
