Но наступили трудные времена: перестройка, раздел большого государства, безработица, инфляция. Не обошли политические и экономические потрясения и наш санаторий. Резко уменьшилось количество пациентов, поползли вверх цены, возникла угроза закрытия санаторного учреждения и, как следствие, потери замечательного коллектива. Жизнь требовала новых и нестандартных решений. В середине 1990-х годов в санатории сменилось руководство. Новый главврач B.C. Бех, начмед В.В. Бурлаков, главбух И.В. Бабина, заместитель по АХЧ Г.А. Раздолькин приняли решение - повышать уровень комфортности здравницы. Был организован отдел реализации путевок, всерьез занялись рекламой. Представители санатория активно посещали различные туристические ярмарки. Заработать деньги на реконструкцию было непросто, но «Полтава» смогла. И вот уже на базе 4-го медотделения, которым руководил А.З. Богачук, оборудованы номера «люкс». Открывается банкетный зал для состоятельных пациентов. В санатории появились первые компьютеры.
В 2000 году после большой подготовительной работы бывший межколхозный санаторий «Полтава» преобразован в ООО. С приходом в санаторий в 2001 году врача-эндоскописта Д.Ю. Синюкова в здравнице стали лечить некоторые категории гастроэнтерологических больных. Была закуплена аппаратура для исследования желудка и толстого кишечника, приобретен аппарат для кишечных орошений, открыт кабинет полостных процедур.
В эти годы появились первые пациенты из дальнего зарубежья - Германии, Канады, Израиля и других стран. Они оценили эффективность и небольшую стоимость лечения в «Полтаве», но требовали комфорта. И вот уже в 2002-2003 годах более 150 палат переоборудованы под номера с улучшенными условиями и повышенной комфортностью. При этом большая работа проведена сантехнической службой, возглавляемой М.Е. Зюкиным. Почти полностью заменена система подачи воды и канализации, значительно обновилась сантехника в номерах. Бригадой электриков на 4-х этажах были заменены износившиеся системы электрообеспечения. Менялось на более современное оснащение палат.
Серьезным испытанием для ООО «Санаторий «Полтава» явилась тяжба с Евпаторийской налоговой инспекцией в 2003 году. Несправедливые претензии грозили серьезными финансовыми исками и банкротством. И здесь следует отметить тактически и стратегически правильные действия председателя правления санатория И.В. Кочерги. Кадровые перестановки, привлечение к делу квалифицированных юристов и другие меры позволили благополучно изменить ситуацию.
В 2003 году работу санатория возглавил молодой, энергичный директор Александр Николаевич Ракоцило. Его понимание экономической ситуации в стране, знание рынка услуг, опыт работы в различных государственных и коммерческих структурах, забота о нуждах коллектива позволили выстоять здравнице в трудную минуту и значительно активизировать работу санатория. Активнее стал действовать отдел реализации путевок, которым в то время руководил А.В. Вишняков. Сотрудники отдела неоднократно посещали различные предприятия, ярмарки, где активно рекламировали преимущества отдыха и лечения в «Полтаве». В этом же году был открыт сайт санатория в Интернете. Врачи здравницы подготовили программы для лечения и реабилитации больных с определенными заболеваниями, чтобы предоставить их на рынок медицинских услуг.
В 2003 году санаторий образовал совместное предприятие с производственным объединением «Сварка». Денежные инвестиции позволили в 2003-2004 годах сдать в эксплуатацию еще 100 номеров повышенной комфортности в 3-м и 4-м корпусах. Было начато переоборудование летних коттеджей под «полулюксы». В каждой палате появились телевизоры и холодильники, была значительно обновлена мебель.
По инициативе А.Н. Ракоцило началась работа по газификации санатория, и уже в 2005 году тепло санаторию дала собственная котельная. Разрабатывались планы благоустройства пляжа, укрепления береговой линии, реконструкции старой ВГЛ под лечебно-диагностический корпус. Была закуплена новая техника, медоборудование. В 2006 году санаторий переименован в ОАО «Санаторий «Полтава-Крым», а в 2007 году ему присвоен статус клинического. Здравница хорошела и расширялась. В 2007 году сдан в эксплуатацию спальный корпус №5 (СК-5), в 2009 году - первая очередь сооружений для защиты от разрушений морем береговой полосы, что позволило сохранить прекрасный пляж.
Не стояла на месте и медицинская служба. Врачи внедряли новые методики диагностики и лечения. Под руководством главного врача А.В. Малева доктора санатория А.В. Вишняков, Э.З. Абибуллаев, О.А. Болдырева проводили не только лечебную, но и научно-практическую работу. Результаты исследований публиковались в медицинских журналах. Приобретены аппараты для лазеротерапии, диагностическая установка «Кардиолаб», открыт кабинет для УЗИ-диагностики, где одним из первых стал работать врач М.И. Жихарев. Пополнился новейшей аппаратурой кабинет стоматологии, где успешно трудятся высокопрофессиональные стоматологи М.М. Теслюк и В.В. Степаненко. Врачи санатория и медицинские сестры проходили обучение на различных курсах и семинарах, постоянно повышали свой профессиональный уровень, сдавали экзамены на первую и высшую врачебные категории. Администрация отметила их старания. Врачи А.Д. Наумов, JI.А. Колесник, А.А. Шайковский, А.И. Макаров были удостоены звания «Заслуженный врач Крыма», а медицинская сестра Л.И. Неумывако стала заслуженным работником здравоохранения Крыма.
Активизировалась работа службы досуга. Под руководством Е.В. Соловьевой часто проводились концерты художественной самодеятельности. «Полтавские таланты» активно участвовали в городских культурных мероприятиях. В 2005 году инструментальный квартет санатория «Четверо в шляпах» был приглашен Анастасией Заволокиной для съемок в телепрограмме «Играй, гармонь!».
По инициативе А.Н. Ракоцило создана служба безопасности санатория, которую в первые годы возглавил опытный профессионал И.Е. Писарец.
Результаты проведенной работы дали о себе знать - в 2003-м и последующих годах итоги тендерных торгов с фондами социального страхования и других государственных структур были положительными для нашей здравницы. Активнее стали брать путевки различные фирмы, в том числе и зарубежные.
