Развал Советского Союза не мог не сказаться на здравнице, принимавшей отдыхающих по профсоюзным путевкам. До конца 1991 года в санатории сохранялась стопроцентная загрузка номеров, но уже тогда в воздухе витал ветер неприятных перемен.
26 марта 1990 года руководство здравницы получило распоряжение о переводе государственного санатория имени В.И. Ленина на самостоятельный баланс. При этом его подчинили Сакскому объединению санаторно-курортных учреждений Украинского республиканского совета по управлению курортами профсоюзов. В этом же году сменилось и руководство санатория - главным врачом стал A.M. Макаров, заменивший ушедшего на повышение Е.Б. Федосова.
Если ранее, при Советском Союзе и чуть позже после его распада, отдыхающих направляли профсоюзы предприятий, то в постсоветское время даже государственным здравницам пришлось перейти на «самообеспечение» в вопросах привлечения курортников. Справлялись санаторно-курортные учреждения с новыми задачами плохо.
Первые пятнадцать лет постсоветского периода для санатория имени В.И. Ленина были крайне сложными. В течение этого времени происходила неоднократная смена собственников, велись бесконечные «войны» внутри руководства здравницы и судебные тяжбы между бывшими владельцами. Санаторий месяцами простаивал без отдыхающих или с минимальным наполнением номеров, растеряв до 90 процентов своего кадрового состава.
